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基于转录终点序列特征预测大肠杆菌sRNA
细菌sRNA 终点信号 预测
2011/7/29
细菌sRNA是一类长度在40～500 nt的调控RNA，在细菌与环境相互作用中发挥重要功能，因此，细菌sRNA识别研究具有重要意义。然而，与蛋白编码基因具有易于识别的特征不同，目前细菌sRNA识别仍是一件比较困难的事。此方法介绍了一个基于已知细菌sRNA转录终点的碱基频率矩阵来识别sRNA的预测策略，并在大肠杆菌K-12 MG1655中进行了sRNA的预测。结果表明，该模型在独立测试集中具有较高的...
活细胞依赖其众多的转录调控模块来实现复杂的生物功能，识别转录调控模块对深入理解细胞的功能及其转录机制有着重要的意义。本文结合酵母基因表达数据和ChIP-chip数据，提出了一种转录调控模块识别算法。该算法通过采用不同的P值阈值分别得到了核心集和粗糙集，然后对核心集和粗糙集进行判别，最后对基因进行扩展之后得到基因转录调控模块。将该算法运用到两个酵母基因表达数据中，得到了一些具有显著生物学意义的基因转...