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近日，中国农业科学院茶叶研究所茶树遗传育种团队基于“龙井43”基因组参考序列和茶树重测序数据，开发出一款200K茶树SNP芯片。相关研究成果在《植物生物技术杂志（Plant Biotechnology Journal）》上发表。
中国农业科学院茶叶研究所开发出首款茶树高密度SNP芯片（图）
中国农业科学院茶叶研究所 茶树 高密度 SNP芯片
2021/12/17
近日，中国农业科学院茶叶研究所茶树遗传育种团队基于‘龙井43’基因组参考序列和茶树重测序数据，开发出一款200K茶树SNP芯片。该芯片是首款茶树高密度SNP芯片，以‘龙井43’（♀）和‘白毫早’（♂）F1群体为材料，该芯片能够将18226个SNP位点绘入图谱，获得5325个bin-marker，连锁图谱总长度为2107.01cM，相邻标记平均遗传图距为0.39cM，构建了目前遗传密度最高的连锁图谱...
旨在研究马身猪保种群体的遗传多样性、亲缘关系和家系结构。本研究利用Illumina CAUPorince 50 K SNP芯片检测39头保种马身猪的单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism，SNP）；采用Plink软件计算最小等位基因频率、多态信息含量、观察杂合度和期望杂合度，分析保种群体的遗传多样性；采用Plink软件构建状态同源（identity by st...
新疆是我国西北重要的小麦优势产区和消费区。解析新疆冬小麦地方品种与育成品种之间的遗传多样性和亲缘关系, 对新疆冬小麦育种中杂交组合的合理选配以及后代选择具有重要的指导意义。本研究利用小麦55K SNP (single nucleotide polymorphism)芯片对134份新疆冬小麦地方品种及54份育成品种进行全基因组扫描, 估算其品种间的遗传距离, 揭示其遗传多样性。结果表明, 所有 SN...
利用猪1.4M高密度SNP芯片检测巴马香猪全基因组拷贝数变异
巴马香猪 拷贝数变异 1.4M高密度SNP芯片
2021/3/11
旨在检测巴马香猪基因组上的拷贝数变异（CNV），并探究标记密度对于CNV检测效率和准确率的影响。本研究利用319头巴马香猪（其中阉公猪160头和母猪159头）1.4M高密度SNP芯片的数据，采用PennCNV和R-Gada两种软件进行CNVs检测；然后通过重叠CNV融合法，构建拷贝数变异区域（CNVR），并用全基因组关联分析（GWAS）对频率大于5%的CNVR进行验证；最后根据不同的标记密度，均匀...
为鉴定EMS突变的真实性,本研究利用SSR标记和90 K SNP芯片对小麦品系H261及其EMS突变体进行检测。SSR检测结果表明,H261与LF2010和LF2099的差异SSR标记为0个,但与LF2100的差异SSR标记为10个,多态性比例为47.62%。SNP芯片分析结果表明,H261与LF2010和LF2099之间的差异位点分别为66和12个,分别占总数的0.080 9%和0.014 7%...
近日，由内蒙古农业大学动物科学学院博士研究生乔贤，教师苏蕊、王瑞军为共同第一作者，李金泉教授为通讯作者完成的科研论文《Genome-wide Target Enrichment-aided Chip Design: a 66K SNP Chip for Cashmere Goat》（《基于全基因组捕获测序策略设计绒山羊66KSNP芯片》），在Nature（《自然》）旗下的《Scientific R...
试验借助高密度SNP芯片技术在整个基因组范围内对223头中国西门塔尔牛群体进行基因分型，在SCD1基因上发现7个SNPs位点，对各SNP位点与西门塔尔牛肉质性状进行相关性分析。结果表明， SCD1基因的7个SNPs位点均与大理石花纹等级显著相关（P<0.05或P<0.01）； A10050C、A13655G、C14790T和A15565G 4个位点对剪切力影响显著(P<0.05)；位点A13655...
SNP芯片在油菜分子育种的应用
油菜 SNP芯片 分子育种
2012/2/17
油菜是我国最主要的油料作物之一, 肩负着国内植物油供给的重任,所产菜油占国产油料作物产油的57%以上。近年来,中国面临严重的食用油供给安全问题,国产植物油短缺,进口依赖度达60%以上。我国的油菜产量低、生产成本高、市场竞争力相对较弱是制约我国油菜生产的主要原因之一。努力提高我国油菜育种水平是促进油菜产业发展、保障我国食用油供给安全的有效途径。新型高通量分子育种技术-SNP育种芯片的开发与利用为快速...